因为种子的含水量过高，在冬季潮湿的环境中很可能造成霉变，所以在储存前要将种子晒干，控制好种子本身所含的水分。一般来说，禾谷类作物种子的含水量为12%-13%，油料作物种子的含水量为8%-9%。玉米、花生、大豆等含淀粉和油脂较多的种子更容易发生霉变，需要特别注意。

在种子储存前，要将种子彻底清洁，去除作物茎叶、杂草、砂子、土粒等杂物;不少作物的种子和一般粮食不易区分，不注意会造成种、粮混杂，造成浪费和减产，在留种早期就要分开放置。

储存种子时，需要注意不能同农药化肥等同放，这样会造成种子危害;不能放置在熟料带里，种子会被迫进行无氧呼吸，产生酒精和有机酸等杀死种胚或种子霉变，让种子无法发芽;不能放置在烟熏处，这样会降低种子活性，降低种子发芽率。

储存种子的室内温度**在10℃左右，隔段时间将种子摊开或用手搅动。因为温度过高，种子的呼吸作用较为旺盛，会消耗自身储存的营养物质，从而降低发芽率。

另外，害虫以及老鼠等啮齿类动物会吃掉种子，或是污染种子，使种子变质，因此需要采取措施消灭它们或防止它们吃掉种子。